پس از صدور فرمان قتل‌عام وحشیانه هزاران مجاهد اسیر در زندانها توسط خمینی و تشکیل هیأتهای مرگ، روز ۵مرداد سال ۱۳۶۷ رسماً قتل‌عام هزاران زندانی مجاهد در تهران و سایر شهرستانها اجرا شد. لازم به ذکر است که اولین اقدام جهت اجرایی شدن فرمان خمینی ملعون در روز ۲۸ تیرماه با اعدام غلامرضا کاشانی اقدم به همراه چند مجاهد دیگر که هنوز زیر حکم بودند اجرا شد.
پس از آن‌که خمینی به‌ناچار و به‌دلیل وحشت از خطر سرنگونی به‌دست ارتش آزادیبخش ملی، زهر آتش‌بس را در جنگ ضدمیهنی سر‌کشید، وجه باورنکردنی دیگری از شقاوت خود را به‌نمایش گذاشت و اقدام به قتل‌عام زندانیان مجاهد و مقاوم کرد.
بر اساس گزارشها و اظهارات زندانیان سیاسی از بند‌رسته، این جنایت هولناک از اواخر سال ۶۶ و به‌موازات احساس خطر روزافزون دشمن از‌جانب مجاهدین و ارتش آزادی، توسط خمینی زمینه‌سازی شده بود و هم‌زمان با زهر آتش‌بس و عملیات فروغ جاویدان، با شروع کشتارهای بی‌وقفه در زندانهای سراسر کشور به‌مرحله اجرا درآمد. اگر چه امکان دسترسی به آمار مشخص وجود ندارد، ولی برآوردها نشان می‌دهد که شمار اعدام‌شدگان به ۳۰هزار تن بالغ می‌شود
کافی است توجه کنیم که منتظری، جانشین وقت خمینی، در نامه‌یی در آغاز قتل‌عامها به خمینی ابعاد آن را «چند هزار نفر در چند روز» توصیف می‌کند
از آن پس نیز ماشین کشتار خمینی به کار خود ادامه داد و تا پایان سال ۶۷ همچنان از کشتارهایی در چارچوب فرمان قتل‌عام خبر می‌رسید. ابعاد گسترده قتل‌عامها در درون رژیم نیز واکنشهایی ایجاد کرد و خمینی به‌خاطر حفظ موجودیت کل رژیم، حتی حاضر شد بهای این تصمیم شیطانی را با عزل منتظری در اوایل سال۶۸، بپردازد
سازمان مجاهدین خلق ایران با تلاش بسیار موفق شده است اسامی و مشخصات بیش از ۵هزار تن از ۳۰هزار شهید قتل‌عام زندانیان سیاسی توسط خمینی را گردآوری کرده و منتشر نماید.
